インボイス制度でSES・フリーランスはどう変わる？

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インボイス制度は2023年10月のスタートから3年が経ち、2026年10月に大きな節目を迎えます。免税事業者からの仕入れに対する仕入税額控除の経過措置が縮小し、個人事業主向けの「2割特例」も2026年分で終了します。SESは多重下請け構造のため、免税事業者のフリーランスエンジニアが多く関わる業界です。本記事では、制度の変更点と、SES・フリーランスエンジニアがいつ何を判断すべきかを、令和8年度税制改正の内容にもとづいて整理しました。

1. 2026年10月に何が変わるのか

結論から言うと、2026年10月に変わるのは次の2点です。

変更点	内容	影響する側
仕入税額控除の経過措置	免税事業者からの仕入れに対する控除率が80%→70%に低下	免税事業者に発注する側（SES企業・元請け）
2割特例の終了	個人事業主は2026年分をもって2割特例が使えなくなる	インボイス登録済みの個人事業主

どちらも「制度が始まって終わり」ではなく、段階的な経過措置の途中の切り替わりです。免税事業者のままでいる人にとっては（1）が、インボイス登録済みの個人事業主にとっては（2）が直接関係します。

2. 仕入税額控除の経過措置スケジュール全体像

免税事業者（インボイスを発行できない事業者）からの仕入れは、本来なら仕入税額控除ができません。急激な負担増を避けるため、以下の経過措置が設けられています。令和8年度税制改正で、当初予定より緩和されたスケジュールに変更されました。

期間	控除できる割合
〜2026年9月30日	80%
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%（新設・当初予定は50%）
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%（新設）
2031年10月1日〜	控除不可（0%）

70%・30%の期間が新設されたことで、当初のスケジュールより段階が緩やかになりました。SES企業や元請け企業からすると、免税事業者への発注コストの実質的な増加ペースが、当初想定より緩やかになったことを意味します。

3. 2割特例の終了と「3割特例」の中身

2割特例は、免税事業者からインボイス発行事業者になった小規模事業者向けに、消費税の納税額を「売上にかかる消費税額の2割」に軽減する措置です。個人事業主の場合、この特例が使えるのは2026年分（2026年12月31日を含む課税期間）までです。

2027年分以降は原則の計算方法（本則課税または簡易課税）に戻りますが、令和8年度税制改正で新たに「3割特例」が設けられ、一定の個人事業主は2027・2028年分に限り、納税額を売上にかかる消費税額の3割に抑えられます。

項目	内容
対象者	免税事業者からインボイス発行事業者になった個人事業主（法人は対象外）
適用期間	2027年分・2028年分の各課税期間（2027年1月1日〜2028年12月31日）
納税額	売上にかかる消費税額の3割
主な要件	基準期間（2年前）の課税売上高が1,000万円以下 等

3割特例は2028年分で終了するため、2029年分からは本則課税か簡易課税を選ぶことになります。フリーランスエンジニアとして働く個人事業主で2割特例を使ってきた人は、2027年分の申告方法を2026年中に確認しておく必要があります。

前提として、準委任契約そのものの扱いは準委任契約とは｜請負・派遣との違いと、SESで実際に問題になる点に整理があります。継続的な取引の基本となる契約書にあたる場合は、第7号文書として4,000円の印紙が必要になる点も併せて確認しておくと安全です。

4. SESの多重下請け構造で何が起きやすいか

SESは一次請け・二次請け・三次請けと商流が連なる業界で、末端に近いほど個人事業主（一人親方型のフリーランスエンジニア）の比率が高くなります。商流の数え方や実務リスクはSESの商流とは？数え方と3つの実務リスクで整理していますが、インボイス制度との関係では次の力学が働きます。

• 発注側（SES企業・元請け）は、免税事業者への支払いに対する仕入税額控除が段階的に減っていくため、免税事業者との取引コストが実質的に上がり続ける
• 控除率が下がるタイミング（2026年10月、2028年10月、2030年10月、2031年10月）は、単価の見直しや登録要請が起きやすい節目になる
• 一方で、2026年10月の変更は当初予定（50%）より緩和された70%であるため、想定していたほど急激な圧力にはなりにくい

還元率・単価の計算方法自体はSES単価の還元率、その計算は合ってる？公的データで検算で解説した内容と地続きです。インボイス対応コストは、単価交渉の材料の一つとして商流全体で押し付け合いになりやすい点に注意が必要です。

5. 免税事業者のままでいる場合／登録する場合の判断軸

登録するかどうかは、売上高だけでなく次の3点で判断します。

① 単価交渉力
発注元が大手SES企業で、免税事業者との取引を続ける方針を明言している、あるいは経過措置が70%（2028年9月まで）ある間は交渉の猶予があります。逆に、発注元から登録を求められている、または単価の見直しを既に打診されている場合は、登録のメリットとコストを試算する優先度が上がります。

② 事務負担
登録すると、消費税の申告義務が発生します。2027・2028年分は3割特例が使える見込みですが、要件（基準期間の課税売上高1,000万円以下等）に該当するかは事前に確認が必要です。

③ 特例の適用期限
2割特例は2026年分まで、3割特例も2028年分までの時限措置です。「今は特例があるから登録する」という判断をする場合、2029年以降は原則課税に戻ることを前提に試算しておく必要があります。

フリーランスエンジニアの直接契約で手数料はどう変わる？で扱った直接契約への切り替えも、インボイス対応コストを踏まえた選択肢の一つになります。

❓よくある質問

Q.2026年10月から、免税事業者との取引自体ができなくなりますか？

A.

いいえ。控除率が下がるだけで、取引自体が禁止されるわけではありません。ただし発注側の実質コストは上がるため、単価や取引条件の見直し材料にはなり得ます。

Q.すでにインボイス登録している個人事業主が2割特例を使えなくなったら、自動的に3割特例になりますか？

A.

自動適用ではなく、要件（基準期間の課税売上高1,000万円以下等）を満たすかどうかの確認と、申告時の選択が必要です。詳細は国税庁の公表資料や税理士に確認してください。

Q.法人成りしているSESフリーランスは3割特例の対象になりますか？

A.

3割特例は個人事業主限定で、法人は対象外です。

7. まとめ

2026年10月の変更は、免税事業者からの仕入税額控除が80%から70%へ下がる節目であり、当初予定されていた50%への引き下げよりは緩和されています。個人事業主の2割特例は2026年分で終了しますが、2027・2028年分は要件を満たせば3割特例に移行できます。SESの多重下請け構造では、控除率の低下が単価交渉や登録要請の材料になりやすいため、免税事業者のまま続けるか登録するかは、単価交渉力・事務負担・特例の適用期限（2028年まで）の3点で早めに判断しておくことをおすすめします。

本記事は2026年9月時点で公表されている情報にもとづく一般的な解説であり、個別の税務判断を保証するものではありません。実際の申告や登録の判断は、税理士または最寄りの税務署にご確認ください。